La gouvernance du PRSE3 repose sur le Comité de pilotage (COPIL), composé des institutions clés du plan. Il a pour but d’orienter, de valider et de veiller à la bonne exécution du plan. Pour cela, y siègent les institutions en mesure d’identifier et d’engager les moyens nécessaire au PRSE, aux groupes de travail pour mener à bien leurs tâches.

Le COPIL s’appuie sur 5 Groupes de Travail (GT) qui permettent idéalement de mobiliser l’ensemble des parties prenantes techniques chargées d’élaborer, de mettre en œuvre, de suivre et rapporter les actions relevant d’une famille thématique donnée.

Le secrétariat technique (ST), composé d’un représentant des 3 pilotes exécutifs du plan (DEAL, ARS et Région), est chargé de l’animation et du pilotage pratique.
La communauté santé environnement rassemble les parties intéressées par le Santé Environnement à La Réunion. Son rôle est consultatif.

Instance d’orientation et de validation des travaux du PRSE3, il est composé de l’échelon de direction de :

• l’agence régionale santé de l’Océan indien (ARSOI),
• la direction de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DEAL),
• la direction de l’agriculture, de l’alimentation et des forêts (DAAF),
• la direction des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l’emploi (DIECCTE),
• la direction régionale de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale (DRJSCS), ainsi que
• d’un représentant du secrétaire général des affaires régionales de la préfecture (SGAR),
• d’élus du Conseil Régional et de ses directeurs techniques,
• du Département,
• du rectorat,
• de l’association des maires,
• du Conseil Économique Social et Environnemental Régional de La Réunion (CESER).

Il peut être également réuni en comité restreint (DEAL, ARSOI, Conseil régional) afin de valider certaines orientations spécifiques ou tâches internes, nécessaires au bon déroulement du plan.
Garant de la contribution des services contributeurs à l’avancement des activités, il s’assure de la cohérence et de la bonne articulation du PRSE 3 avec tout autre plan liant environnement et santé, entre autres le projet régional de santé (PRS 2), le plan régional Santé Travail (PRST 3) et Ecophyto-DOM. 
Il fixe les échéances globales du plan, arbitre et valide sur propositions du secrétariat technique. Il se réunit au moins une fois par an sur la durée d’exécution du plan, et autant que de besoin durant les phases d’élaboration et d’évaluation du plan.

La communauté santé environnement, ou groupe régional santé environnement (GRSE) est une instance de concertation,constituée des acteurs régionaux agissant et disposant de compétences en matière de santé environnement. Suivant les orientations de l’instruction gouvernementale du 27 octobre 2015 relative à l’élaboration et à la mise en œuvre des plans régionaux santé environnement, elle peut être composée :

• des représentants des services de l’État,
• des représentants des collectivités,
• des représentants des associations de professionnels de santé, de protection de l’environnement, de patients et de consommateurs,
• des représentants des employeurs, des salariés et du monde économique,
• des personnalités qualifiées.

La communauté santé environnement a été invitée à se réunir pour la première fois le 4 mai 2018 pour marquer le début de la consultation publique sur le projet de PRSE3, ainsi que le lancement des actions évolutives en mode collaboratif (amiante, jeunes publics).

Cette communauté est consultée notamment pour examiner :

• le suivi de la mise en œuvre du PRSE ;
• les modifications du PRSE ;
• les travaux de bilan et d’évaluation du PRSE ;
• toute nouvelle activité d’intérêt pour le PRSE3, non prise en compte précédemment par le plan, et susceptible de l’intégrer si en cours de route se déclarait une priorité exprimée, un porteur et l’identification des moyens propres à assurer son succès.

Le secrétariat technique (ST) est chargé de veiller aux aspects pratiques garantissant la mise en pratique du PRSE .

A ce titre, le secrétariat technique est notamment chargé de proposer tout document et toutes décisions utiles au comité de pilotage du plan.

Il assure également le lien entre les instances de gouvernance : comité de pilotage, groupes de travail techniques et communauté santé environnement en général.

Il veille pour cela au respect des échéances, à la formalisation et à la transmission des informations échangées entre ces différentes instances.