La gouvernance du PRSE3 repose sur le Comité de pilotage (COPIL), composé des institutions clés du plan. Il a pour but d’orienter, de valider et de veiller à la bonne exécution du plan. Pour cela, y siègent les institutions en mesure d’identifier et d’engager les moyens nécessaire au PRSE, aux groupes de travail pour mener à bien leurs tâches.

Le COPIL s’appuie sur 5 Groupes de Travail (GT) qui permettent idéalement de mobiliser l’ensemble des parties prenantes techniques chargées d’élaborer, de mettre en œuvre, de suivre et rapporter les actions relevant d’une famille thématique donnée.

Le secrétariat technique (ST), composé d’un représentant des 3 pilotes exécutifs du plan (DEAL, ARS et Région), est chargé de l’animation et du pilotage pratique.
La communauté santé environnement rassemble les parties intéressées par le Santé Environnement à La Réunion. Son rôle est consultatif.